Berdasarkan Peraturan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 1 Tahun 2018 tentang Kelembagaan Daerah Daerah Istimewa Yogyakarta dan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 107 Tahun 2018 tentang Penulisan Nama Perangkat Daerah menjadi "Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk".
Awal terbentuknya Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk (DP3AP2) Daerah Istimewa Yogyakarta berasal dari Kantor Pemberdayaan Perempuan (KPP) Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta yang dibentuk berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 2 Tahun 2004. Kemudian berubah menjadi Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat (BPPM) Daerah Istimewa Yogyakarta berdasarkan Peraturan Daerah Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 7 tahun 2008 tentang Pembentukan dan Organisasi Inspektorat, Badan Perencanaan Pembangunan Daerah, Lembaga Teknis Daerah dan Satuan Polisi Pamong Praja Provinsi Daerah Istimewa Yogyakarta dengan ketugasan dan fungsi sebagaimana diatur dalam Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 59 tahun 2008 tentang Rincian Tugas dan Fungsi Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat.
Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk (DP3AP2) mempunyai tugas membantu Gubernur mmelaksanakan urusan pemerintahan bidang pemberdayaan perempuan dan perlindungan anak serta urusan pemerintahan bidang pengendalian penduduk dan Keluarga Berencana, berdasarkan Peraturan Gubernur Daerah Istimewa Yogyakarta Nomor 93 Tahun 2021 tentang Kedudukan, Susunan Organisasi, Tugas, Fungsi, dan Tata Kerja Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak, dan Pengendalian Penduduk
Sejak Kantor Pemberdayaan Perempuan (KPP) hingga Dinas Pemberdayaan Perempuan, Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk (DP3AP2) sudah terjadi beberapa kali pergantian Pimpinan, sebagai berikut :
(2004 – 2007) Dra. Tuti Purwani - Kepala Kantor Pemberdayaan Perempuan DIY
(2007 – 2009) Dra. Hj. Tri Hastuti Haryani - Kepala Kantor Pemberdayaan Perempuan DIY
(2009 – 2011) Dra. Siti munawaroh, Apt.M.Kes. - Kepala Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat DIY
(2011 – 2014) dr. Rochana Dwi Astuti - Kepala Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat DIY
(2014 – 2016) Dra. Kristiana Swasti, M.Si.- Kepala Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat DIY
(2016 – 2019) dr. R.A. Arida Oetami, M.Kes. -Kepala Badan Pemberdayaan Perempuan dan Masyarakat DIY
(2019 – 2020) dr. R.A. Arida Oetami, M.Kes. - Kepala Dinas Pemberdayaan Perempuan Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk DIY
(2020 – sekarang) Erlina Hidayati Sumardi, S.IP, MM - Kepala Dinas Pemberdayaan Perempuan Perlindungan Anak dan Pengendalian Penduduk DIY
